Das Linthwerk wird von der Linthkommission als oberstes Organ (vergleichbar mit einem Verwaltungsrat) geführt. Die Linthkommission setzt sich zusammen aus je einem Mitglied der Regierungen der Kantone Glarus, Schwyz und St. Gallen sowie je einem Vertreter des Kantons Zürich und des Bundes (beratend), der Gemeinden der Linthebene (2. Sitz des Kantons St. Gallen). Die Linthkommission wird seit 2004 von Regierungsrat Willi Haag präsidiert. Sein persönliches Engagement hat massgebend zum Erfolg des Projekts beigetragen. (Bild M. Jud)